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1961년 5월16일. 박정희 육군 소장은 육군 장교들과 함께 군사 쿠데타를 일으켰다. 5·16 군사 정변으로 제2공화국 장면 내각은 출범 9개월 만에 막을 내렸다.
5·16 군사 정변, 이승만 정부에 대한 불만이 원인
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당시 국군은 이승만 정부 당시부터 군 부정부패, 비리 등으로 불만이 극에 달했다. 박 전 대통령 등은 이승만 정부 때 쿠데타를 기획했으나 1960년에 4·19 혁명이 터져 무산됐다. 그러다 다시 쿠데타 세력을 모았고 4·19 혁명 1년 이후 5·16 군사 정변을 일으켰다.
5·16 군사 정변에 가담한 인물은 박 전 대통령, 김종필, 육군사관학교 8기생을 중심으로 진행됐다. 쿠데타 세력은 예비 사단 병력, 포병단, 해병대, 육군 제1공수특전단 등을 동원해 1961년 5월16일 새벽 서울, 대구, 부산 등 방송국 등 주요 시설을 무력으로 점거했다.
이들은 주한미군과 주한미국대사관의 공식적인 반대에도 불구하고 대한민국 육군참모총장 장도영과 통수권자 대통령 윤보선을 회유해 국무총리 장면을 사퇴시키고 쿠데타 60여시간 만에 제2공화국 헌정을 무너뜨렸다. 쿠데타 세력은 위헌 수단으로 행정, 입법, 사법 삼권을 탈취해 자신들이 조직한 군사혁명위원회가 대한민국 통치권을 행사한다고 선언했다.
5·16 군사 정변 이틀 후인 1961년 5월18일 박 전 대통령은 군사혁명위원회 의장으로 장도영을 세우고 자신은 부의장으로 하는 국가재건최고회의를 개편했다. 이후 1962년 12월31일까지 전국 모든 정치인 활동 불법화, 언론 사전 검열 실시, 정기 간행물 1200여종을 폐간하는 등 2년 반 동안 군정을 실시했다.